Τα ακριβή μικροβιολογικά όρια και οι μέθοδοι δειγματοληψίας για τα ύδατα κολύμβησης στην ΕΕ καθορίζονται αυστηρά από την Οδηγία 2006/7/ΕΚ. Η νομοθεσία επικεντρώνεται σε δύο μικροβιολογικούς δείκτες κοπρανώδους μόλυνσης: το Escherichia coli (E.\,coli) και τους Εντερόκοκκους (Intestinal\,enterococci).
Μικροβιολογικά Όρια & Ταξινόμηση
Η αξιολόγηση γίνεται ξεχωριστά για Παράκτια/Μεταβατικά ύδατα (θάλασσες) και για Εσωτερικά ύδατα (λίμνες/ποτάμια), βάσει στατιστικής ανάλυσης των δειγμάτων μιας 4ετίας (υπολογισμός 90ού και 95ού εκατοστημορίου):
| Κατηγορία | Εντερόκκοκοι | Ε.coli |
| Εξαιρετική | ≤100 | ≤250 |
| Καλή | ≤200 | ≤500 |
| Επαρκής | ≤185 | ≤500 |
| Ανεπαρκής | >185 | >500 |
